新农合和单位为职工缴纳的社保是有冲突的，这两者都是按政策规定提供基本医疗保障。
而商业医疗险是作为对新农合的补充，在新农合不能保障的范围加强，让保障更加全面，因此这两者不冲突。
《中华人民共和国社会保险法》规定：
第五十条 用人单位和参保人员有权向经办机构查询本单位或本人的医疗保险缴费、待遇给付等情况。用人单位每年应当将本单位医疗保险缴费情况向职工公布。
第五十二条 劳动保障行政部门应当建立定点医疗机构和定点零售药店诚信制度。经办机构对定点医疗机构、定点零售药店进行检查时，定点医疗机构、定点零售药店有义务提供相关资料
对不提供或者提供不全的，责令限期提供或补全；逾期不改的，城镇社会基本医疗保险基金不予支付费用。对定点医疗机构和定点零售药店违反医疗的行为，劳动保障行政部门可以向社会公布。
