医疗险先天性疾病保险公司不理赔，先天性疾病在医疗险中是属于免责范围的，保险公司不会承担理赔责任，因此而产生的相关医疗费用，还需要被保险人自己承担。
在购买医疗险的时候，还需要着重看清楚其保障范围、免责条款等，如果有先天性疾病的话，还需要仔细考虑自己是否有实际需求购买医疗险，不过只要能够通过医疗险的健康告知，除了因为先天性疾病所产生的医疗费用之外，其他的保障责任内的医疗费用，医疗险还是可以进行报销的。
