甲状腺功能减退，治疗方法最简单，并不是对因治疗，而是进行甲状腺激素替代治疗。使用左甲状腺素钠，并定期复查，长期维持甲状腺功能正常，不能自已自主进行，更不能随意停药。甲状腺功能亢进有三种不同的治疗方法，像抗甲状腺药物治疗、甲状腺手术治疗，或者是碘-131治疗，都能取到很好的效果，当然关键是医生和患者共同来商议。
甲状腺结节不需要特别治疗，如果明显增大，可能会进行手术治疗。另外，甲状腺癌通过及早诊断，早期进行手术治疗，往往效果非常好。因为甲状腺癌大部分都是高分化的甲状腺癌，也就是恶性程度比较低，及早发现、及早治疗，都能够痊愈。另外，像有些甲状腺炎，比如亚急性甲状腺炎，还有叫做产后甲状腺炎，有自限性，并不是医生来帮治好，当然医生治疗可以减轻症状。
另外，像桥本甲状腺炎也是自身免疫性甲状腺炎里面最常见的一种，如果甲状腺功能正常就不需要治疗。如果桥本氏病合并甲减，就进行相应的甲状腺激素替代治疗。有些甲状腺肿是由于地方缺碘，就需要在食盐里加碘，饮食当中适当补充碘，就能够帮助预防地方性甲状腺肿，同时缓解症状。甲状腺疾病的治疗是根据病因不同，采取的方法也不同，但是一定要正确诊断。
