医保和农村合作医疗在投保对象、缴费标准、保障范围等方面都有所区别，具体如下:
1、投保对象不同：医保针对城市居民以及企业员工；而农村合作医疗是针对农村人口实行的医疗保障制度。
2、缴费标准不同：职工医保跟个人工资以及参保地平均工资水平挂钩，而农村合作医疗则根据当地的财政收入挂钩。
3、报销范围不同：城镇医保在报销范围上比新农合稍微广一些，新农合在一些大医院门诊不能报销，但是正在向城镇居民医疗险靠拢。
4、报销比例不同：如果在乡镇医院治疗的话，新农合的报销比例较高；如果在市级医院以上的医院的话，居民医保和职工医保的报销比例较高。
医保包括职工医保、居民医保和农村合作医疗，目前农村合作医保的报销范围和报销比例正在向居民医保靠拢。
