一、经营目的不同。政策性农业保险制度是依据政策目标或服从特定的政策规划建立的，而商业性农业保险制度是依据市场或商业目标建立的；政策性农业保险的经营不以盈利为目的，而商业性农业保险的经营则是以盈利为目的。
二、发展动力不同。政策性农业保险一般是由政府直接组织经营，或由政府成立的专门机构经营，或在政府财政政策支持下，由保险社（保险公司、保险合作社）经营，而商业性农业保险一般由商业保险公司经营；政策性农业保险产品要部分由政府财政补贴保费，而商业性农业保险产品则完全由投保人自己交纳保费。
三、盈利能力不同。政策性农业保险经营的项目或出售的保险产品其保险责任较广泛且保险标的的损失概率较大，从而赔付率较高，难以盈利；而商业性农业保险经营的项目或出售的保险产品其保险责任较窄，保险标的的损失概率较小，正常情况下盈利能力较强。
四、外部性不同。政策性农业保险具有明显的外部性，可以增进社会福利；而商业性农业保险外部性不明显。
五、强制程度不同。政策性农业保险通常需要事实上的或者有条件的强制，往往通过有关法律法规，将参与农业保险与其他农业优惠政策相联系，从而使政策性农业保险制度具有了某种强制性；而商业性农业保险一般是自愿投保，不具有任何强制性。
