农村合作医疗报销有期限，参保人需要在就诊结束后当前年度申请，跨年度则不予报销，如果是年底就诊需跨年度报销的也不能超过2个月。因为农村合作医疗保障期限为一年，第二年需重新筹资，参保人需要重新缴费参合，而且第二年的报销方案也可能会改变。
不过，农村合作医疗保险制度并不是全国统一的，各地规定不一样，需以当地的报销政策为准。
