免赔额1万是除去医保后再扣的。商业医疗保险和医保都属于报销型的保险，因此，若被保险人发生住院医疗费用，那么在先使用医保报销后，再使用商业医疗保险报销时，需要先扣除已经使用基本医保报销过的医疗费用后，再扣除免赔额1万，才能对超出部分的医疗费用按照保险合同约定进行报销。若扣除已经使用医保报销后的医疗费用后，剩余的医疗费用未超过免赔额1万，则商业医疗保险不予报销。
