补充养老保险分配和记帐也比较灵活，可以按单位缴纳补充养老保险费的比例进行分配，或按照单位的分配方案进行分配。个人缴费全部记入帐户内，单位缴费可全部或部分记入。
补充保险账户是社会化管理的，并不是由单位自己管理或者自行委托其他机构管理，经办机构也须由劳动保障行政部门认定的机构经办。一般来说，目前的补充养老保险经办机构是各地社会保险管理部门。管理部门会对单位设单位帐户，单位帐户下再设个人帐户，经办机构每年打印收益对帐单以供查对。
