首先，两者的属性不同。社会医疗保险是国家根据宪法规定，为保护和增进职工身体健康而设立的一种社会保障制度，是国家或地方通过立法强制执行的;而商业医疗保险是由商业保险公司以营利为目的开办的，它是保险人和投保人根据自愿的原则来投保。
其次，两者的保障程度不同。社会医疗保险从保障公民的基本生活、安定社会的原则出发;商业医疗保险的保险金给付水平，是投保人根据自己的经济状况和需要来确定的，交保费越多，获得的保障也越多，体现权利和义务对等的原则。
最后，两者的作用不一样。社会医疗保险主要是为了保障居民的基本生活，维护社会稳定，是国民收入再分配的一部分;而商业医疗保险是社会医疗保险的一个必要的补充，主要是为了满足一部分人获得额外保障的要求。
由此可见，社会医疗保险主要是保障普通职工最基本的医疗服务，其保障水平是有限的，当职工有极大的疾病风险时应得不到充分的保障。
