医保卡基金支付是指医疗保险报销的意思。已缴纳基本医疗保险的参保人，在发生规定的医疗费用并符合医疗保险报销范围后，由社会医疗保险统筹基金支付符合条件的医疗费用。例如，参保人在医院发生的6000元医疗费用中包含医保覆盖的5000元，那么这5000元由医保统筹基金支付，剩下的1000元由参保人自己支付。
医保基金支付不是从医保卡中扣除，而是从统筹账户中扣除。医保卡内的钱是员工个人缴纳医保的一部分，通常可用于门诊和定点药店缴费，也可用于个人完成医保报销后需要自行支付的费用。
什么是医疗保险基金？
医疗保险基金是指医疗保险经办机构按照国家有关规定向单位和个人筹集的用于保障职工基本医疗的专项资金。基本医疗保险基金由社会统筹基金和个人账户组成，由用人单位和职工个人按固定比例共同缴纳。
法律依据：中华人民共和国国务院令第735号《医保基金使用监督管理条例》 第七条 国家鼓励和支持新闻媒体开展医疗保障法律、法规和医疗保障知识的公益宣传，并对医疗保障基金使用行为进行舆论监督。有关医疗保障的宣传报道应当真实、公正。
