存款保险制度50万赔付的意思是指银行一旦破产，只能赔偿储蓄用户金额在50万以下的存款，金额超过50万的部分是无法进行赔偿的。这是要求投保机构需要向存款保险基金管理机构交纳保费来形成存款保险基金，存款保险基金管理机构会根据此项规定向存款人进行赔偿。
存款保险基金管理机构的职责相当于是制定并发布与其履行职责有关的规则、制定和调整存款保险费率标准，需要上报的，归集保费，管理和运用存款保险基金。
