1、参保人不同
医保是针对城镇职工及城镇人员参加。
新农合是由持农村户口的农村居民参加的。
2、缴费标准不同
医保含于社保，是按月缴费的，费用由用人单位和职工按照比例共同缴纳，不同地区缴费金额、缴费比例不同。
新农合是按年缴纳的，采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金，国家对不同的地区补贴力度也是不一样的，所以新农合有很强的地域性。
3、报销范围不同
医保可用于报销挂号、看病就医、药店买药、住院等。
新农合目前只支持住院报销，只有少部分地区看病就诊也能报销。
4、报销比例不同
医保的报销范围比较高，最高的有90%，最低的异地报销至少也有50%。
新农合的报销比例较低，一般为50~70%，异地报销的时候，报销比例可能只有30~40%。
5、参保年限不同
医保参保是男性满25年、女性满20年。退休时男性缴费年限累计不满30年，女性缴费年限累计不满25年，用人单位和职工个人按规定一次性补足医疗保险费的，可认定为缴费年限届满。
新农合是一年交一次费用，就目前来说，国家没有设定新农合的参保年限，即交了就能享受报销待遇，不交就享受不到。
