区别如下：
1、农村合作医疗保险是属于非营利的，属于互助性质的一个医疗保险，而商业保险它是盈利性质的，由保险公司承保。
2、农村合作医疗保险购买人群限制就是农村户口的人群，对于身体健康和年龄都没有任何的限制，而商业医疗保险对于身体健康和年龄的要求都是比较大的。
3、农村合作医疗他只能够报销医保范围内的治疗，而商业医疗保险主要是看产品的性质，有保障医保范围内的，也有不限制社保报销的。
