免赔额1万是扣除医保报销后。一般来说，如果被保险人罹患疾病需要接受住院治疗，通常可以先用基本医保、大病保险等其他医疗保险保障报销，报销完毕后，若再使用商业医疗保险报销，则还需要先扣除已经使用基本医保、大病保险等其他医疗保险保障报销过的医疗费用，再扣除免赔额1万后，才能对超出了免赔额部分的医疗费用，按照商业医疗保险保险合同约定比例进行报销。
也就是说，若被保险人用基本医保、大病保险等其他医疗保险保障报销过后，剩余的医疗费用未超过商业医疗保险的免赔额，那么是无法使用商业医疗保险再次进行报销的。
商业医疗保险和基本医保同为报销型保险，因此，两者是不能重复报销的，且商业医疗保险和基本医保等其他医疗保险保障加起来报销的医疗费用，不能超过被保险人实际花费的医疗费用。
