商业医疗险住院自费可以进行报销,但是可能会有一定的限制,比如百万医疗险报销自费药的话,是只能报销被保险人住院时购买医院自费药时所花费的相关医疗费用的,如果医院没有提供被保险人所需要的自费药,而导致其只能在外面的药店里购买,则百万医疗险无法进行报销,除非该百万医疗险有特药保障,而且即便有特药保障,也只能对保险合同约定的特药进行报销。