要看具体情况。
1、通常免赔额就是在花费的医疗费用中，要先扣除社保和公费医疗报销的部分，再扣除1万免赔额，剩余部分保险公司才会按约定比例赔付，这类情况就是在医保报销之前达到免赔额之后在进行抵扣。
2、也有部分产品医保可以抵扣免赔额，像好医保长期医疗，被保险人从其他途径以获得医疗费用补偿可用于抵扣免赔额，就不需要在进行免赔额的扣款了。
3、不过在实际的报销过程中，还需要考虑到当地基本医保的实际报销比例、起付线、其他医疗保险保障报销的医疗费用，以及商业医疗险自身的免赔额、报销比例等因素。不过可以明确的是，商业医疗险在扣除免赔额1万之前，还必须要先扣除已经用医保以及其他医疗保险保障已经报销过的医疗费用后，才能报销剩余的医疗费用。
