北京社保不能只扣医疗险，如果你是企事业单位的在职职工，通过单位交社保，那么，医疗保险和养老保险就必须要一起缴纳，是无法分开缴纳的，也就是不能只交一种。 如果你以灵活就业人员的身份参加职工社保，那么，这种情况也是无法只交医保不交养老的，因为两者是捆绑在一起的。 若还有不明白的地方，可以上马蜂保找专业客服解答。
