保险公司一般是不可以理赔先天性疾病的。
对于先天性疾病、遗传性疾病等，保险公司一般都会在保险产品的免责条款里面说明不予理赔。而且对于患有先天性疾病的人群来说，在投保需要进行健康告知的保险时也会有一定的限制，尤其是成年人，通常还需要进行人工核保，不过如果还只是小孩子的话，则保险公司也可能会做出除外或者延期承保的决定。
不过也有部分保险产品的免责条款会说明：先天性畸形不予理赔，但是不包括艾森门格综合征、脊柱裂和永久性脑脊液分流术等。
