不能，商业医疗保险不能抵扣个税。可以抵扣个税的保险只有企业年金、税优健康险和税延养老保险。具体如下：
1、机关、事业单位和国企建立的补充养老金叫做职业年金，其他企业建立的补充养老金叫做企业年金。这个是个人不需要主动申请扣税，在进行个税抵扣的时候会自动显示抵扣金额。
2、税优健康险是只要是正常缴纳个税且具有基本保险的消费者，就可以购买税优健康险。这是一款由一年期医疗险+万能账户组合投保的，带病可投，可保证续保，保费要求每年至少缴2400元，扣除医疗险的保费后，剩余的钱会进入约定的万能账户之中存起来。这个钱是不能取的，只能退休后作为医疗保险账户用，或者是买商业保险。在个税扣除方面，在计算应纳税所得额时予以税前扣除，扣除限额是2400元/年，200元/月。
3、税延养老保险在购买后，每个月最多可以提高1000元起征点。这个只是延迟交税而不是免税，免税的额度是在退休后，按照总共7.5%的一口价税率来征收。
