1. 覆盖人群不同
农村医保只有农民才可以参加，社保是用人单位和个人缴费建立的医疗保险基金，是国家为了补偿劳动者因疾病风险遭受经济损失而建立一项社会保险制度。乡镇企业以及职工、城镇个体经济组织业主及其从业人员也要纳入基本医疗保险范围内。
2. 缴费方式不同
农村医保是农民自愿参加，农民个人每年缴费标准不能采取个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的方式筹集资金。根据地区经济条件来划分缴费标准，有每年100元、200元、300元、400元、500元，各个地方根据自身的情况来设置缴费的档次，当然是多缴多得了。社保是用人单位和职工共同缴纳的。用人单位缴费率应该控制在职工工资总额的6%左右，职工缴费率一般为本人工资收入的2%。
3. 报销范围不同
农村医保费用补助，不同级别的医院是不一样的，县内一级医院60%，二级医院50%，县外医院40%。社保除了享受个人账户费用门诊包干，还可以享受住院医疗，大病的补助以及特殊病种医疗费用的包干待遇。
